Zjištěné rozdíly představovaly u Povodí Moravy ztrátu 40,5 milionu korun a u Povodí Ohře téměř 194 milionů korun za tři roky. NKÚ proto doporučuje zvážit úpravu cenových předpisů, aby cena za odběr povrchové vody odpovídala skutečně vynaloženým nákladům.
NKÚ rovněž doporučuje zvážit úpravu vodního zákona a zákona o vnitrozemské plavbě tak, aby zpoplatněním užívání vodní cesty Baťův kanál byly vytvořeny zdroje pro financování její správy a údržby. Státní podnik Povodí Moravy totiž v roce 2011 čerpal peníze na provoz a údržbu od krajů, v letech 2012 a 2013 ale žádné příspěvky neobdržel a tratil na tom celkem 15,3 milionu korun.
Kontroloři také zjistili, že Povodí Moravy nepostupovalo hospodárně, když zadávalo externím firmám jednoduché administrativní úkony spojené s veřejnými zakázkami, ačkoli tyto služby měli zajišťovat jeho zaměstnanci. Firmy si za tyto služby účtovaly i 3000 korun za hodinu. Šlo například o vyřizování korespondence s uchazeči či shrnutí výsledků zadávacího řízení.
Povodí Moravy rovněž u zakázky na odstranění usazenin z vodní nádrže v Plumlově neoprávněně použilo státní dotaci. Pokud by podnik vhodně nastavil kritéria hodnocení nabídek, mohla být akce minimálně o 12,8 milionu korun levnější.
Hospodaření obou podniků povodí bylo sice kladné, výnos z jejich činnosti byl ale podle NKÚ nízký. Ke kladnému výsledku rozhodující měrou přispěly dotace od ministerstva zemědělství, které je jejich zřizovatelem. Ministerstvo neplnilo své povinnosti například tím, že zakládací listiny neobsahovaly některé zákonem požadované údaje. V případě určeného majetku ministerstvo po transformaci a následném převodu majetku do jednotlivých státních podniků neprovedl v zakládacích listinách změnu hodnoty majetku, přestože se výrazně zvýšila. Ministerstvo navíc od roku 2008 nevypracovalo strategickou koncepci pro malé vodní elektrárny, což brání rozvoji státních podniků v této oblasti.