Firma měla původně platit 270 milionů, bývalý předseda ÚOHS Martin Pecina ale pokutu následně snížil na 254 milionů. Sankci původně Krajský soud v Brně potvrdil. V dubnu 2011 uvedl, že není nikterak nepřiměřená, nespravedlivá nebo likvidační.
České dráhy proti nařízené pokutě protestovaly a požadovaly, aby pokuta za zneužití dominantního postavení v nákladní dopravě přešla na dceřinou společnost, nákladního železničního dopravce ČD Cargo. Případem se následně zabýval Nejvyšší správní soud, který předchozí verdikt Krajského soudu v Brně zrušil.
Podle ÚOHS dráhy ještě v době, kdy provozovaly nákladní dopravu, zvýhodňovaly některé své klienty, když jim počítaly rozdílné ceny. U úřadu si stěžoval slovenský konkurent ŠPED-TRANS Levice, podle nějž ČD zvýhodňovaly některé zákazníky, a tak si je zavazovaly ke dlouhodobé spolupráci. Prý to omezovalo konkurenci a také znevýhodňovalo jiné zákazníky, kteří lepší cenu nedostali.
ČD podle úřadu nabídly některým klientům tak nevýhodné podmínky, že těmto firmám znemožňovaly vstoupit na trh železniční nákladní dopravy a působit na něm. ČD také nabízely výhodnější nabídky těm svým zákazníkům, kteří byli osloveni alternativní nabídkou od konkurence, a tím byl opět konkurenci ztížen vstup na trh.