\"MMR považuje audit z hlediska průběhu za nekvalitně a neodborně provedený a v rozporu s mezinárodně uznávanými postupy pro provádění auditu. ... Nízké kvalitě vlastního provedení auditu odpovídá i obsah zprávy, u níž byly identifikovány skutečnosti, na jejichž základě jsou formulovaná zjištění zkreslená, nepřesná, neobjektivní a nedostatečně odborně zpracovaná,\" píše MMR a dodává, že žádné zjištění nebylo doloženo a podloženo důkazy.
MMR, které je hlavním koordinátorem čerpání peněz z fondů EU, zpochybňuje také kvalifikaci a nezávislost členů auditního týmu. Pochybuje hlavně o auditorech s odborností IT a odborností v problematice evropské legislativy týkající se evropských strukturálních a investičních fondů.
MMR auditory podezřívá z toho, že už před zahájením auditu měli jasný postoj i formulované návrhy zjištění. \"Následně v průběhu prací audit vykonával činnosti s cílem opatřit si konkrétní a selektivně vybrané důkazy, které by jeho (auditního orgánu) předběžné závěry potvrdily a podpořily,\" uvedlo MMR.
Tomu se nelíbí ani to, že místo výkonnostního auditu, který si objednala Evropská komise, klade zpráva důraz na argumentaci pochybení MMR při přípravě a realizaci zadávacích řízení veřejných zakázek. Tedy že se z toho stal audit forenzní.
\"Zpráva neobsahuje doporučení a seznam opatření navržených k odstranění nedostatků, tedy není konstruktivní, protože nepřináší prospěch a zdokonalení tam, kde je to potřebné,\" upozornilo MMR.
Monitorovací systém evropských strukturálních a investičních fondů pro programové období 2014-2020 nahrazuje nynější tři rozdílné systémy řízené třemi ministerstvy a centrální zastřešující systém. Do systému by měli žadatelé o dotaci zadávat své žádosti. Řídicí orgány prostřednictvím systému budou vyhlašovat jednotlivé výzvy a přijímat konkrétní projekty.
Výběrové řízení na tvorbu systému, poskytování služeb a servisní podpory a rozvoj aplikace v roce 2013 vyhrála za 567 milionů korun společnost Tesco SW. Systém MS2014+ by měl, byť po roce 2020 v omezené míře, fungovat do roku 2030.
O monitorovací systém se zajímá i policie. Údajně reagovala právě na předběžné závěry auditu ministerstva financí, podle nichž provázelo výběrové řízení množství chyb.
MMR v minulosti čelilo kritice kvůli předchozímu systému MSC2007+, který kvůli porušení zákona odmítla Evropská komise proplatit. Stamiliony tak šly ze státní pokladny.