\"My trváme na tom, že audit považujeme na neprofesionální,\" prohlásila ministryně s tím, že její úřad neměl možnost vypořádat své připomínky k auditní zprávě před jejím odeslání Evropské komisi. Babiš zdůraznil, že do auditu neměl právo zasahovat, a nebude ho hodnotit. \"Není to audit ministerstva financí, je to audit z pověření Evropské komise,\" uvedl. Kritici auditu podle něj ohrožují čerpání peněz unijních fondů.
Exministr financí Miroslav Kalousek (TOP 09) řekl, že Babiš se nemůže zbavit odpovědnosti za auditní orgán, který působí na ministerstvu financí. \"Chováte se zbaběle, pane ministře,\" obvinil Babiše. Předseda ODS Petr Fiala poznamenal, že naopak postoj ministerstva financí ohrožuje čerpání dotací z fondů EU.
Monitorovací systém evropských strukturálních a investičních fondů pro období 2014-2020, který nahrazuje nynější tři rozdílné systémy řízené třemi ministerstvy a centrální zastřešující systém, je pro čerpání peněz z fondů EU klíčový. Právě prostřednictvím něj budou řídící orgány jednotlivých operačních programů vyhlašovat výzvy k předkládání žádostí a přijímat konkrétní projekty.
Vláda v pondělí rozhodla o tom, že systém bude do vyjasnění financován ze státního rozpočtu, nikoli z prostředků EU. Dosud stál systém podle ministryně 590 milionů korun. EU v rámci tzv. korekce neproplatí podle Šlechtové 252 milionů korun, pokud se se závěry auditu Evropská komise ztotožní.