Naprostá většina chyb, zhruba 90 procent, se podle kontrolorů objevila v přehledu o peněžních tocích. Ministerstvo dále nesprávně zúčtovalo třeba transfery poskytované ze státního rozpočtu a špatně vykázalo dlouhodobý majetek a pohledávky. Kontrolní úřad ale upozornil, že předpisy pro některé oblasti účetnictví jsou nejednoznačné.
NKÚ také sdělil, že není dostatečně upraveno vykazování emisních povolenek jako specifického druhu nehmotného majetku. \"V tomto případě se jednalo o miliardové částky,\" doplnila Málková.
Kontroloři rovněž zjistili, že ministerstvo porušilo rozpočtovou kázeň. \"Na konci roku 2013 vedlo téměř 32 milionů korun na bankovních účtech mimo Českou národní banku. V této souvislosti NKÚ podal oznámení o porušení rozpočtové kázně příslušnému finančnímu úřadu,\" uvedla mluvčí kontrolního úřadu.