Hlavním zdrojem financování obou zemských hřebčinců byly dosud podle předlohy podpory z jednoho z dotačních programů ministerstva zemědělství. Titul ale bude muset s ohledem na platnou legislativu Evropské unie skončit, jinak by Evropská komise mohla zahájit vůči Česku řízení. Jednalo by se o nedovolenou veřejnou podporu.
Poslanecký návrh má plemenářský zákon upravit tak, aby se přizpůsobil změně právní formy hřebčinců, čímž se podle autorů dlouhodobě stabilizuje jejich financování. Očekává se, že každý hřebčinec bude z kapitoly ministerstva zemědělství dostávat 18 milionů až 20 milionů korun ročně jako příspěvek na provoz a dalších pět milionů jako investiční dotaci.