Po provedené rekonstrukci se počítá s tím, že do pražské budovy muzea přijde 200 tisíc návštěvníků ročně. V loňském roce do muzea přišlo 23.803 lidí. Nejvíc je lákala Pražská muzejní noc s pivem, kdy během jednoho večera přišlo přes 4600 návštěvníků.
Pod muzeum spadají i další čtyři regionální pobočky. Ty by měly také projít rekonstrukcemi, peníze na ně chce rezort získat z evropského Integrovaného regionálního operačního programu. Předpokládané částky dosahují 840 milionů korun s 15procentním kofinancováním. Z toho do areálu zámku Kačina by mělo jít 412 milionů Kč, do Muzea zemědělské techniky v Čáslavi 300 milionů Kč, do Mysliveckého a lesnického muzea na zámku Ohrada 102 milionů Kč a 26 milionů Kč do Muzea vinařství, ovocnářství a krajiny ve Valticích, sdělil ČTK Jordán. Podle něho je nejhorší situace v Kačině, kde je nutná komplexní obnova.
V Ohradě i v Kačině jsou podle muzejní výroční zprávy nevhodné podmínky pro depozitáře. Podle analýzy stavu depozitářů jsou sbírkové předměty napadené červotočem, haly mají problémy s ptáky, hlodavci a hmyzem. Chybí jim také vytápění, což znamená velké roční výkyvy teplot, kdy v budovách v zimě mrzne a v létě přesahují teploty 30 °C.
Nejvíce se loni chodilo do muzea na zámku Ohrada, které navštívilo téměř 182 tisíc lidí. Zvýšení návštěvnosti se podařilo dosáhnout v roce 2011, kdy se zavedla společná vstupenka se ZOO Ohrada.