Slovenská firma zakázku na provozování osmi linek získala v roce 2009. Zřídila kvůli tomu v Česku svou organizační složku se sídlem v Přerově, dostala licenci i oprávnění k podnikání. Úřady později dospěly k závěru, že k provozování vnitrostátní dopravy v Česku potřebuje slovenský dopravce ještě zvláštní povolení ministerstva. Slovenská autobusová doprava raději smlouvu s městem ukončila, zakázku poté dostala Dopravní a logistická společnost Přerov, která je ve stoprocentním vlastnictví trnavského dopravce.
NSS při posuzování kasační stížnosti Slovenské autobusové dopravy podal kvůli výkladu evropského práva takzvanou předběžnou otázku k Soudnímu dvoru EU v Lucemburku. Z odpovědi vyplynulo, že slovenská firma ve sporném období zvláštní povolení nepotřebovala. Prostřednictvím organizační složky byla usazená v Česku a úřady ji neměly považovat za takzvaného nerezidenta, jehož možnosti v kabotáži, tedy vnitrostátní autobusové dopravě, jsou omezené.
NSS proto zrušil jak rozhodnutí krajského úřadu, tak následný verdikt Krajského soudu v Ostravě. \"Žalovaný (krajský úřad) bude v dalším řízení povinen respektovat závazný právní názor NSS, že stěžovatel byl oprávněn provozovat předmětné linky MHD i bez zvláštního povolení,\" stojí rozsudku senátu s předsedou Jiřím Pallou.
Situaci kolem MHD v Přerově provázejí také další komplikace a spory. Antimonopolní úřad vyměřil přerovské radnici pokutu 250.000 korun za způsob, jakým v roce 2011 vybrala jakožto nového provozovatele městských linek Dopravní a logistickou společností. Radnice v časové nouzi nepostupovala podle zákona o veřejných zakázkách.
Dopravní a logistická společnost provozovala MHD v nouzovém režimu déle než dva roky. Teprve poté radnice vyhlásila tendr na zajištění MHD na dobu dalších deseti let. Vyhrála jej stejná firma, se kterou město podepsalo smlouvu loni v březnu. Provozování dopravy má firma zajistit za 136,8 milionu korun bez DPH, což je zhruba o sto milionů korun méně, než se původně předpokládalo. Podle současného vedení radnice je cena podhodnocená. Bývalé vedení radnice to však popíralo.
Problémy podpisem smlouvy neskončily. Loni na podzim vyhlásili řidiči stávkovou pohotovost, usilovali o zvýšení hodinové mzdy. Únorovou stávku se nakonec podařilo zažehnat. Na jaře pak podal dopravce žalobu na město. Důvodem sporu je rozdílný výklad smlouvy, a tím i rozdílný pohled na vyplacení peněz.