Vznik regulačního orgánu, který by nebyl závislý na ministerstvu dopravy, je jednou z podmínek dalšího otevírání trhu s osobní železniční dopravou soukromým společnostem.
Nyní o přidělování volné železniční kapacity rozhoduje Správa železniční dopravní cesty (SŽDC) a případné spory řeší Drážní úřad. Ten je ale přímo podřízený ministerstvu dopravy, které zároveň vykonává akcionářská práva k jednomu z dopravců, Českým drahám. Kvůli tomu, že současný stav nesplňuje podmínky EU o nediskriminačním přístupu k jednotlivým dopravcům, má podle ministerského návrhu vzniknout nový úřad. Přejde tam část úředníků z Drážního úřadu a ministerstva, kteří se touto agendou zabývají.
Nově jim přibude práce v souvislosti s ochranou spojů vypravovaných v závazku veřejné služby. Tyto spoje dotované z veřejných peněz si podle ministerstva dopravy zaslouží ochranu mimo jiné proto, že komerční doprava se soustřeďuje jen na silně využívané linky a finančně zajímavé časy, a není tak schopná kompletně pokrýt přepravní potřeby zejména na méně frekventovaných tratích, nebo v méně využívaných časech.
Vstup nedotované komerční linky mezi dotované spoje navíc může způsobit finanční ztrátu objednateli dopravy, například obci nebo kraji, tím, že přetáhne část cestujících z veřejné linky. Ztrátu na tržbách objednanému dopravci by v takovém případě musel doplatit objednatel z veřejných peněz, uvedlo ministerstvo.
Nový úřad má také rozhodovat spory mezi poskytovateli evropské služby elektronického mýta pro kamionové dopravce a řešit spory o poplatky na letištích vůči jednotlivým dopravcům. Úřad má podle původního návrhu ministerstva dopravy začít fungovat příští rok a v jeho čele má stát předseda jmenovaný na šest let.