Splnění evropských požadavků mělo podle ministerstva zemědělství stát 75 miliard korun. Náklady měly rovným dílem pokrýt peníze z Bruselu, státního rozpočtu a od investorů. V polovině roku 2015 ale požadavky EU stále nesplňovaly aglomerace s celkovým počtem 1,7 milionu obyvatel, z nichž většinu tvořila Praha a okolní obce. Náklady na jejich splnění ministerstvo zemědělství odhadlo na sedm až osm miliard korun, přičemž nejvíce peněz bude potřeba na dobudování ústřední čistírny odpadních vod v Praze.
\"Kvůli nedostatečnému řízení, roztříštěným kompetencím a chybějící komunikaci mezi orgány stále chybí v České republice plně funkční systém, který by zajistil trvalou udržitelnost vodovodů a kanalizací. Česká republika navíc nesplnila podmínky Evropské unie týkající se čištění odpadních vod a hrozí jí za to sankce,\" uvedla mluvčí NKÚ Olga Málková.
Špatný stav vodovodů a kanalizací i jejich trvalou udržitelnost měly v rámci ministerstva zemědělství řešit konkrétní programy, na něž ministerstvo přerozdělilo 13,5 miliardy korun ze státního rozpočtu. První dokončený program financoval například 1116 kilometrů vodovodních sítí a 662 kilometrů kanalizací.
NKÚ konstatoval, že o dotacích z některých programů od listopadu 2011 rozhodoval přímo ministr zemědělství nebo jeho náměstek. \"Ignorovali přitom pravidla programů, která jasně určují, komu a za jakých okolností může být dotace udělena. Rozhodli tak například o poskytnutí dotace státnímu podniku, přestože tyto peníze nebyly pro státní podniky určeny. V 11 případech zase rozhodli o poskytnutí vyšší dotace, než zmíněná pravidla povolovala,\" dodala Málková. Od října 2011 byl ministrem zemědělství v Nečasově vládě Petr Bendl (ODS).
Také Evropský účetní dvůr při kontrole evropských peněz na čistírny městských odpadních vod v České republice, Slovensku, Maďarsku a Rumunsku poukázal na stále nevyřešenou trvalou udržitelnost vodovodů a kanalizací v těchto zemích. Na rozdíl od ostatních kontrolovaných zemí lidé v České republice nemají povinnost připojit se ke kanalizaci, pokud ji mají k dispozici. U akcí, na které se zaměřil ve své kontrole NKÚ, se přitom počet obyvatel připojených na nově vybudovanou kanalizaci pohyboval mezi 56 až 100 procenty. \"Zvláště u nižšího počtu připojených domácností klesá efektivita celé stavby,\" uvedli kontroloři.