Pokud vláda převod nádraží a dalších nemovitostí na správu kolejí posvětí, bude jej muset ještě schválit představenstvo a dozorčí rada Českých drah. Kromě toho, že ČD původně očekávaly za převod majetku výrazně více peněz, musí orgány drah řešit i žalobu od společnosti RegioJet podnikatele Radima Jančury. Ta zpochybňuje cenu za převod kolejí z Českých drah na SŽDC v roce 2008 a požaduje, aby ČD vrátily zhruba sedm miliard korun.
Důvodem je rozdíl v oceňování majetku státního dopravce. Zatímco koleje a další pozemky, které ČD převáděly v roce 2008, byly prodávány za účetní hodnotu, nynější nádraží se stát chystá prodat za takzvanou cenu soukromého investora. Jde o sumu, kterou by byl ochotný za tento majetek zaplatit soukromý investor, a která je výrazně nižší než účetní hodnota majetku.
České dráhy původně očekávaly, že za nádraží dostanou minimálně dvojnásobek nyní uvažované částky. Cenu kolem tří miliard kritizují železniční odbory, které už avizovaly, že jejich zástupci pro prodej ruku v dozorčí radě nezvednou. Celkem mají zástupci zaměstnanců tři hlasy v devítičlenné dozorčí radě, která musí transakci schválit. V kontrolním orgánu drah nicméně zřejmě dojde k výměně dvou členů, o kandidatuře Tomáše Révésze a Milana Kucharčíka dnes rozhoduje vládní výbor pro nominace do dozorčích rad.
Důvodem převedení nádraží na SŽDC je podle materiálu ministerstva dopravy mimo jiné snaha najít efektivnější financování oprav a provozu tohoto majetku, protože státní správce kolejí na jejich rekonstrukce může získat z EU více peněz než dopravce. Převod se týká zhruba tisícovky nádraží, převedena ale nebudou všechna. Plán nezahrnuje ty budovy, kde jsou komplikované vlastnické vztahy, například budovu Masarykova nádraží, které vlastní ČD spolu s Pentou, nebo budovu brněnského nádraží, kde zatím není rozhodnuto o zvažované variantě přesunu.
V utěšeném stavu je necelá polovina nádraží, zbytek si vyžádá rozsáhlejší rekonstrukci. Zhruba 40 objektů, například nádraží v Plzni, Sokolově, Bílině, v Berouně a ve Strakonicích, patří mezi nejvíce zdevastovaná nádraží. Na jejich stavu se podepsala zdlouhavá jednání o tom, kdo má v Česku nádraží vlastnit. ČD proto dlouhodobě do oprav investovaly nezbytné minimum, i tak jde ale o stovky milionů korun ročně.