Vláda původně výrazně omezila možnost, aby distributoři mohli část biosložky prodat zvlášť, a tím by povinnost přimíchávání také splnili. Poslanci při hlasování ve Sněmovně schválili pozměňovací návrh rozpočtového výboru, který tuto možnost zcela vypouští.
Odpůrci zákona, především předseda opoziční TOP 09 Miroslav Kalousek, tvrdí, že podpora pomůže hlavně skupině Agrofert ministra financí Andreje Babiše (ANO). Také senátor Jan Horník (STAN) řekl při projednávání v Senátu, že zákon \"přihraje\" Agrofertu pět miliard korun. Ministr zemědělství Marian Jurečka (KDU-ČSL) tyto námitky odmítl.
Daňová zvýhodnění biopaliv jsou nyní poskytována na základě programu, který ale skončil k 30. červnu. Česko se tak nyní nachází v režimu nedovolené podpory. Vláda už loni schválila program podpory biopaliv, který má trvat až do roku 2020, a z něj vychází schválená novela zákona.
Novela přináší také osvobození od daně pro elektřinu, kterou si malovýrobci vyrobí pro svoji potřebu z obnovitelných zdrojů, jejichž výkon nepřesáhne 30 kW. Osvobození zrušila letošní novela energetického zákona.