Centra podpory inkluzivního vzdělávání byla zřízena za více než 133 milionů korun. Cílem projektu ministerstva školství bylo ověřit a nastavit podmínky inkluzivního vzdělávání na základních školách. Všech devět zřízených center po dokončení projektu bez náhrady zaniklo, čímž příjemce dotace porušil podmínku udržitelnosti. Pokud se tak stane, musí část, případně i celou dotaci vrátit. Pokud je příjemcem dotace stát, hradí vzniklé náklady ze svého rozpočtu. Vyjádření ministerstva ČTK zjišťuje.
Problémem je podle NKÚ i financování některých projektů po dobu pěti let od dokončení projektu. Do vybudování 48 vědeckých výzkumných center se dosud investovalo 36 miliard korun a podle odhadů bude na jejich další provoz nutné v příštích pěti letech vynaložit ze státního rozpočtu dalších 24,4 miliardy korun. U pěti z jedenácti kontrolovaných výzkumných center podle NKÚ hrozí, že nesplní podmínky udržitelnosti. Vědeckým výzkumným centrům se totiž například nedaří získat další zdroje financování ze smluvního výzkumu a mezinárodních grantů.
Kontroloři od února do listopadu loňského roku prověřili celkem 56 projektů, na něž šlo z dotací 9,3 miliardy korun. Z této částky tvořil příspěvek EU 7,9 miliardy korun a dalších 1,4 miliardy korun vyplatila Česká republika ze svého rozpočtu. Kontrola se týkala dotací udělených v rámci tří projektů, a to Integrovaného operačního programu, operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace a operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost.