V souvislosti s kontrolním hlášením hrozí poplatníkům řada pokut. Nejnižší, 1000 korun, dostane plátce DPH, pokud podá kontrolní hlášení pozdě, ale zároveň jej dodatečně bez vyzvání podá. Finanční správa ovšem v souvislosti s připravovanou novelou, která sankce zmírňuje, na počátku roku upozornila, že tisícikorunová pokuta bude automaticky prominuta v případě, že prodlení při podání hlášení bylo v daném kalendářním roce poprvé. Dále správa může dát pokuty 10.000, 30.000, 50.000 korun, ale i 500.000 korun v případech, kdy plátce závažně ztěžuje nebo maří správu daní.
Zavedení kontrolního hlášení je obsaženo v zákoně od ledna 2015 s odloženou roční účinností. Kontrolní hlášení k DPH jsou jedním z nástrojů, které mají zabránit daňovým únikům. Firmy musí podávat kontrolní hlášení každý měsíc. Pro fyzické osoby, které jsou plátci DPH, bude lhůta pro kontrolní hlášení závislá na lhůtě přiznání u DPH. Fyzické osoby mohou přiznání podávat měsíčně nebo čtvrtletně. Celkově se kontrolní hlášení týká zhruba 500.000 poplatníků.