V souvislosti s kontrolním hlášením hrozí poplatníkům řada pokut. Nejnižší pokutu, 1000 korun, za pozdní podání hlášení bez výzvy úřadu nebude Finanční správa udělovat do doby, než začne platit novela zákona. Ta obsahuje zmírňující sankce a měla by začít platit zhruba od poloviny roku. Tisícikorunová pokuta bude pak automaticky prominuta pouze v případě, že prodlení při podání hlášení bylo v daném kalendářním roce poprvé.
Dále správa může dát pokutu 10.000 korun, pokud poplatník hlášení podá v náhradní lhůtě poté, co jej finanční úřad vyzval. Další pokuty ze zákona jsou 30.000 a 50.000 korun. Existuje i pokuta 500.000 korun v případech, kdy plátce závažně ztěžuje nebo maří správu daní.
V případě chybně vyplněných kontrolních hlášení finanční úřad vyzve poplatníka k odstranění vad. Pokud poplatník chyby neodstraní, je to stejné, jako by hlášení nebylo podáno. Lhůta pro opravu hlášení je podle Schillerové zpravidla osmidenní. \"Chyby se opakují, jsou to většinou chyby formálního charakteru,\" dodala.
Mezi nejčastější chyby patří nevyplnění identifikace datové schránky nebo e-mailu v úvodní části formuláře. Tato chyba tvořila více než polovinu chybně podaných hlášení. Dále v chybných hlášeních chybí nebo je špatný formát DIČ odběratele nebo dodavatele, někdy je v hlášeních chybné číslo finančního úřadu.
Janeček upozornil, že chybám se lze vyhnout využitím aplikace Elektronická podání pro Finanční správu, dostupné na Daňovém portále Finanční správy. Aplikace zabezpečí ověření správnosti formátu a struktury datové zprávy.
Zavedení kontrolního hlášení je obsaženo v zákoně od ledna 2015 s odloženou roční účinností. Kontrolní hlášení k DPH jsou jedním z nástrojů, které mají zabránit daňovým únikům. Firmy musí podávat kontrolní hlášení každý měsíc. Pro fyzické osoby, které jsou plátci DPH, bude lhůta pro kontrolní hlášení závislá na lhůtě přiznání u DPH. Fyzické osoby mohou přiznání podávat měsíčně nebo čtvrtletně. Celkově se kontrolní hlášení týká zhruba 500.000 poplatníků.