Už v roce 2004 poukázal NKÚ na to, že model financování modernizace zpracovaný ministerstvem dopravy je nereálný. U kontrolovaných projektů se stavební náklady na jeden kilometr pohybovaly od 117 do 352 milionů korun. \"Od cenového normativu, který by měl sloužit k ocenění nákladů při přípravě stavby, se tak liší až o 156 procent, SŽDC ale tento normativ, stejně jako další nástroje pro kontrolu, zda je předpokládaná cena oprávněná, nepoužívala,\" uvedli kontroloři. Náklady na jeden kilometr modernizace byly u III. koridoru 176 milionů korun, u IV. koridoru 203 milionů korun.
Ministerstvo dopravy zavedlo závazné používání normativu a dalších kontrolních nástrojů až v únoru 2015. Přitom díky kontrole oprávněnosti nákladů a hledání jiných technických řešení se SŽDC v minulosti podařilo náklady výrazně snížit. V roce 2015 to bylo podle NKÚ o 23,2 miliardy korun méně oproti roku 2005. \"Jejich poklesu ale ministerstvo dosáhlo jen díky tomu, že z plánovaných nákladů vyškrtlo náklady na modernizaci dvou finančně náročných úseků,\" míní úředníci.
Modernizace se podle NKÚ neúměrně prodlužuje. Podobný problém přitom kontroloři popsali už v roce 2009, situace se ale podle nich i přes přijatá opatření k lepšímu nezměnila.
Modernizaci koridorů schválila vláda v letech 2001 a 2002 s tím, že budou dokončeny do roku 2010. Podle současného odhadu se je ale nepodaří dokončit dříve než v roce 2021. Modernizace tak potrvá přes 18 let. Navíc stále není dořešena stavba některých úseků.
Největší průtahy provázejí přípravu projektů. Od zpracování první projektové dokumentace do získání stavebního povolení uplynulo průměrně šest let, u 12 z 37 staveb ještě více. U některých projektů to bylo i víc než deset let. Přípravu staveb prodlužovaly především nevyřešené výkupy pozemků a problémy při získání územních rozhodnutí nebo stavebních povolení. Podle NKÚ tuto dobu prodlužovaly také změny v koncepci a v technickém řešení některých staveb ze strany SŽDC.
Do června 2015 se podařilo zmodernizovat z III. koridoru dlouhého 329,4 kilometru 71 procent trasy. Příprava a stavba dosud stály 41,6 miliardy korun. Ze IV. koridoru, který měří 179,9 kilometru, je zatím dokončeno 59 procent trati. Příprava a stavba už stály 23,1 miliardy korun. Největší část nákladů na modernizaci financuje EU z operačního programu Doprava, celkem chce ministerstvo z evropských fondů zaplatit téměř 55,5 miliardy korun.