Peníze na spolufinancování krajské železnice posílá stát krajům prostřednictvím ministerstva dopravy od roku 2010 na základě takzvaného železničního memoranda. Na dobu deseti let ministerstvo slíbilo krajům každoroční účelovou dotaci 2,6 miliardy Kč navýšenou o inflaci. Existují ale výrazné rozdíly ve státních dotacích pro jednotlivé kraje.
Největší podíl státních peněz k vlastním financím dostal podle ministerského šetření v roce 2014 Královéhradecký kraj. Ke svým 367 milionům korun od ministerstva dopravy dostal více než 270 milionů korun. Zatímco poměr státních dotací k vlastním vynaloženým penězům v Královéhradeckém kraji dosáhl více než 41 procent, v nejslabším Karlovarském kraji to byla pětina vynaložených prostředků.
Rozdíly podle ministerstva vznikly v roce 2009, kdy se řešilo memorandum s kraji s cílem financovat tehdejší ztrátovost regionální dopravy. \"Systém fakticky vedl k tomu, že kraje, které se o dopravní obslužnost více staraly, v konečném důsledku dostaly menší dotace,\" uvedl mluvčí ministerstva dopravy Zdeněk Neusar. Nový systém přerozdělování peněz by měl podle něj rozdíly srovnat.
Kromě rozdělování dotací řešilo ministerstvo rovněž otázku, zda bude krajům nadále jen posílat peníze, nebo bude část regionálních vlaků objednávat samo. Už nyní úřad objednává rychlíková spojení. Při předchozím jednání s kraji ministerstvo navrhlo, zda by i takzvaná krajská páteřní spojení nemělo rovněž objednávat centrálně ministerstvo dopravy. Pro tuto možnost se ale vyslovila menšina oslovených krajů, dodalo ministerstvo.