Nová agentura má mít na starosti administraci fondů Evropské unie, spadající pod ministerstvo průmyslu a obchodu. Zbytek CzechInvestu by se měl podle návrhu dál věnovat zprostředkovávání investičních projektů do Česka.
Agentura pro podnikání a inovace má být služebním úřadem a podle tohoto zákona se má vybírat i její šéf. Ministr průmyslu a obchodu Jan Mládek (ČSSD) řekl, že Evropská komise žádá, aby organizace zprostředkovávající čerpání peněz z evropských fondů byly podřízeny služebnímu zákonu. Proto vláda přistoupila ke zřízení nové agentury.
CzechInvest pod služební zákon zcela spadat nebude, protože jeho původní část má být přechodovým můstkem mezi podnikatelským sektorem a státní správou. Agentura by tak měla fungovat pružněji.
Podle dohody s Evropskou komisí CzechInvest v nynější podobě ještě dokončí administraci Operačního programu Podnikání a inovace (OPPI). Nový Operační program Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost (OP PIK) má spravovat už nová agentura.