Hlavním důvodem rozhodnutí je zpoždění příprav návazných předpisů v domácí legislativě. "Systém má spoustu kostek a skládačka ještě není hotová," řekl k tomu Ambrozek s tím, že ministerstvo průmyslu nepřijalo návrh zákona o podpoře biopaliv. Ministr má pochybnosti i "o souladu nastaveného systému s pravidly obvyklými v evropských zemích", jeho transparentnosti a o úspěchu procesu notifikace u Evropské komise.
Další osud výroby biopaliv a formy její podpory státem je podle Ambrozka v rukou vlády. Ministr odmítl, že důvodem jeho rozhodnutí byly spekulace tisku o tom, že vítěz tendru byl znám dřív, než řízení skončilo.
Do užšího výběru o kvótu na výrobu biolihu postoupilo osm firem. Z nich mělo být ve druhém kole vybráno nejvýše pět, které budou mít oprávnění v Česku vyrábět biolíh z obilí.
Podle právnické firmy Kocián Šolc Balaštík, jejíž analýzu získal týdeník Czech Business Weekly, je tendr založený na principu kvót diskriminační, představuje ilegální státní pomoc a je v rozporu se dvěma ze čtyř základních práv Evropské unie. Jde o práva na poskytování služeb a na volný pohyb zboží.
Zrušení tendru chtěl dosáhnout vyřazený podnik Cukrovary TTD, nespokojen byl údajně i podnikatel Tomáš Pitr, který se zastával vyřazeného Moravského lihovaru Kojetín. Podle prezidenta komory Jana Veleby byly v prvním kole tendru nepochopitelně vyřazeny firmy, které jsou spojeny se zemědělci.
Už počátkem června Hospodářské noviny také uvedly, že se sociální demokracie zabývá domněnkou, že ministerstvo životního prostředí v čele s Ambrozkem připravuje tendry schválně tak špatně, aby byly napadnutelné. "V případě potřeby by tak mohl Ambrozek tendr zastavit a 'šetřit' si zadávání zakázek pro spřátelené firmy na dobu, kdy bude KDU-ČSL vládnout se ODS bez sociálních demokratů," uvedly tenkrát HN. "Je důležité, že podklady pro výběrové řízení připravovalo ministerstvo zemědělství, které už řadu let řídí sociální demokraté," odpověděl tehdy Ambrozek.