Tendr kritizovala Agrární komora ČR a jeho průběh zpochybňovala média. V úterý Ambrozek svůj krok vysvětlil zpožděním příprav návazných předpisů v domácí legislativě. Má pochybnosti i "o souladu nastaveného systému s pravidly obvyklými v evropských zemích", jeho transparentnosti a o úspěchu procesu notifikace u Evropské komise.
Do užšího výběru o kvótu na výrobu biolihu postoupilo osm firem. Z nich mělo být ve druhém kole vybráno nejvýše pět, které měly mít oprávnění v Česku vyrábět biolíh z obilí. Neúspěšné firmy průběh výběrového řízení kritizovaly.
Podle právnické firmy Kocián Šolc Balaštík, jejíž analýzu získal týdeník Czech Business Weekly, je tendr založený na principu kvót diskriminační, představuje ilegální státní pomoc a je v rozporu se dvěma ze čtyř základních práv Evropské unie. Jde o práva na poskytování služeb a na volný pohyb zboží.
Zrušení tendru chtěl dosáhnout vyřazený podnik Cukrovary TTD, nespokojen byl údajně i podnikatel Tomáš Pitr, který se zastával vyřazeného Moravského lihovaru Kojetín. Podle prezidenta komory Jana Veleby byly v prvním kole tendru nepochopitelně vyřazeny firmy, které jsou spojeny se zemědělci.