V případě, že by roční příděl nebyl z každého strukturálního fondu pro každý program včas vyčerpán, zruší Evropská komise svůj závazek k financování tohoto programu.
Této hrozbě chce Ministerstvo pro místní rozvoj ČR (dále jen MMR ČR) předejít. Na základě usnesení Monitorovacího výboru Rámce podpory Společenství připravilo strategický materiál vztahující se na programy Cíle 1 strukturálních fondů EU v České republice. Dokument, který předkládá ministr Radko Martínek vládě ve středu 22. června navrhuje postup pro sledování dalšího čerpání alokace pro rok 2004 v období červenec 2005 – září 2006 a kontrolu průběhu realizace operačních programů strukturálních fondů. Základem pro toto sledování a kontrolu bude harmonogram realizace a čerpání pro jednotlivá opatření, který připraví MMR ČR jako řídicí orgán Rámce podpory Společenství. Ke kontrole plnění tohoto harmonogramu ministerstvo navrhuje ustavení pravidelných koordinačních schůzek na úrovni náměstků věcně příslušných ministrů za předsednictví ministra pro místní rozvoj.