K tomu, aby se program skutečně rozběhl, je podle Ambrozka třeba součinnosti několika resortů. "Ministerstvo průmyslu a obchodu by mělo zajistit ověření skutečně potřebného množství bioetanolu v dopravě, nastavení kontrolních mechanismů k zamezení záměny s konzumním lihem a vytvoření norem pro směsi pohonných hmot s obsahem biopaliv," sdělil.
Po ministerstvu zemědělství Ambrozek chce, aby upravilo program podpory biolihu tak, aby se biolíh vyráběl z tuzemského obilí. Ministerstvo financí by pak mělo připravit nejvhodnější formu podpory bioetanolu, tedy úlevu na dani, z tuzemského obilí v souladu s evropským programem podpory výroby.
Ambrozkův úřad o programu jednal s Agrární komorou, ta s představou podle jeho slov "v zásadě souhlasila".
Podle prezidenta komory Jana Veleby je třeba organizaci výroby biolihu v Česku rychle vyřešit, jinak hrozí, že bude stát tuto komoditu pro palivové účely dovážet. Podle směrnic Evropské unie mají do roku 2010 činit biopaliva 5,75 procenta pohonných hmot. Veleba již dříve řekl, že by bylo lepší tendr a rozdělování kvót na výrobu pominout a nechat výstavbu lihovarů volně na zájmu firem, které na to mají peníze.
Výběrové řízení kritizovala Agrární komora a jeho průběh zpochybňovala média. Ambrozek svůj krok vysvětlil zpožděním příprav návazných předpisů v domácí legislativě. Měl pochybnosti i o souladu nastaveného systému s pravidly obvyklými v evropských zemích, jeho transparentnosti a o úspěchu procesu notifikace u Evropské komise. Do užšího výběru o kvótu postoupilo osm firem. Z nich mělo být ve druhém kole vybráno nejvýše pět, které měly mít oprávnění v Česku vyrábět biolíh z obilí.
Podle právnické firmy Kocián Šolc Balaštík, jejíž analýzu získal týdeník Czech Business Weekly, byl tendr založený na principu kvót diskriminační, představuje ilegální státní pomoc a je v rozporu se dvěma ze čtyř základních práv Evropské unie. Jde o práva na poskytování služeb a na volný pohyb zboží.