Na ministerstvu informatiky, kde NKÚ kontroloval hospodaření samotného ministerstva i jeho dceřiné společnosti Testcom, zjistili kontroloři nepřiměřené množství peněz za služby externích právníků. Na vyhlášení a průběh jedné veřejné soutěže vynaložilo ministerstvo peníze i přesto, že soutěž nebyla vůbec vyhlášena.
MPSV podle kontrolorů údajně chybovalo při poskytování neinvestičních dotací občanským sdružením a humanitárním organizacím. Chybovalo prý také při rozdělování peněz investorům v rámci investičních pobídek na vytváření nových pracovních míst a rekvalifikaci zaměstnanců.
Na ministerstvu zemědělství NKÚ kontroloval peníze vydané na částečné vyrovnání ztrát z ekologického zemědělství za roky 1998 až 2003. "Na základě kontrolních zjištění lze konstatovat, že neexistuje spolehlivá evidence dotací, která by přesně zaznamenala veškeré peníze poskytnuté zemědělcům prostřednictvím různých programů," uvedl ve zprávě pracovník NKÚ Zdeněk Brandt.
Podle informací HN se bez vážných námitek obešla kontrola ministerstva průmyslu a obchodu při poskytování investičních pobídek.