Penzijního připojištění se netýkají pouze daňové úlevy, ale také samotné zdanění výnosů z hospodaření penzijních fondů. Ve fázi placení příspěvků nedochází k žádným platbám daní. K daňovým povinnostem se dostaneme až v okamžiku výplaty prostředků.
Výše zdanění záleží na zvolené formě výplaty peněz. V případě, že zvolíme výplatu formou pravidelně vyplácené penze, budeme muset zdanit pouze veškeré připsané výnosy. Ty budou zdaněny srážkovou daní 15 %. V případě jednorázového vyrovnání, jsou zdaňované nejen výnosy, ale i příspěvky zaměstnavatele, a to stejnou sazbou daně. Pokud se rozhodnete bojkotovat stanovená pravidla a rozhodnete se pro odbytné, nepřijdete pouze o státní příspěvky, ale zaplatíte i vyšší sazbu daně, a to 25%.