Značná část prostředků totiž půjde na modernizaci regionálních motorových souprav a přípojných vozů provozovaných s motorovými vozy. Prototyp nové motorové jednotky Regionova, která významně zvýší kvalitu cestování osobními vlaky na neelektrizovaných tratích a např. nabídne komfortní cestování v nízkopodlažní části maminkám s dětmi, starým lidem nebo vozíčkářům, se nyní připravuje k zahájení zkušebního provozu s cestujícími v depu Rakovník. Jen do nákupu částečně nízkopodlažních souprav Regionova plánují ČD investovat v letech 2006 až 2008 přibližně 1,5 miliardy Kč. Pokračovat bude také nákup patrových souprav 471 pro pražskou příměstskou dopravu, jejichž počet dosáhne plánovaných 30 jednotek (90 vozů).
V příštím roce je plánováno dokončení modernizace 50 čtyřnápravových motorových vozů řady 854 provozovaných na neelektrizovaných tratích v Čechách. Nové vozy mají výkonnější, ale úspornější motor a cestující ocení především zcela nově řešený interiér s moderními - textilem potahovanými sedačkami. Vozy jsou soustředěny v depech v Praze a Trutnově. Z Prahy jezdí především na motorových rychlících a spěšných vlacích z Prahy do Sušice, Chomutova či Tanvaldu a na osobních vlacích Praha – Turnov. Z Trutnova jsou vypravovány na rychlíky, spěšné i osobní vlaky na tratích v celých východních Čechách, např. z Pardubic přes Hradec Králové a Turnov do Liberce nebo z Chlumce nad Cidlinou přes Starou Paku do Trutnova.
Tyto motorové vozy budou v příštích letech doplněny také o přípojné a řídící vozy řad 054 a 954, které vzniknou ze současných přípojných vozů nebo z nevyužitých typů vozidel. Prototyp přípojného vozu je již ve zkušebním provozu na Krnovsku a v závěru letošního roku bude tento provoz pokračovat v depu Praha. V příštím roce se plánuje zahájení sériových modernizací a do roku 2008 má být do provozu nasazeno 47 vagónů. Součástí modernizace je vylepšení řady technických parametrů. Cestující pak ocení především nově řešený interiér s látkou potaženými sedáky, novými buňkami WC a úložným prostorem pro kola.
Součástí tohoto projektu je také stavba řídících vozů, kde s motorovými vozy řady 854 a přípojnými vagóny 054 vytvoří ucelenou vratnou soupravu. Díky tomu bude možné zrychlit obraty v cílových stanicích, bude možné intenzivněji využít vozidlový park a dojde také ke snížení potřeby zaměstnanců ve vratných stanicích a celkové úspoře nákladů. Prototyp řídícího vozu je nyní ve výrobě a se sériovou výrobou se počítá v příštím roce. V letech 2006 až 2008 se plánuje výroba 19 řídících vozů. V řídících vozech budou mít cestující k dispozici moderně řešená látkou potažená sedadla a místa se speciálně upraveným sociálním zařízením zde najdou vozíčkáři.
Připraven je také rozsáhlý projekt modernizace motorových vozů řady 810 a přípojných vagónů 010, které znají cestujících ze všech regionálních a velkého množství hlavních neelektrizovaných tratí. Cestující těmto vozům přezdívají kvůli hranatému tvaru kufr. Současné vagóny vyráběné v 70. letech nabízejí cestujícím omezenou kulturu cestování – v interiéru jsou nízké lavice potažené červenou koženkou bez podhlavníku, na šíři nabízejí 5 míst k sezení a je v nich omezený prostor pro uložení kočárků a kol. Nové jednotky Regionova, které vznikají úplnou přestavbou těchto starších vozů, nabízejí naopak vysoký komfort cestování pro regionální osobní dopravu. Z původních vozů totiž bylo použito jen několik základních konstrukčních celků, a tak je Regionova z pohledu cestujícího zcela nové vozidlo. Interiér je vybaven pohodlnými textilií potaženými sedačkami s podhlavníky a opěrkami rukou. Ve voze jsou jen 4 místa na šířku vozu, polovina nástupního prostoru je řešena jako nízkopodlažní se snadným nástupem matek s kočárky, seniorů a vozíčkářů. Pro ně je také upraveno sociální zařízení. Výkonnější a úspornější pohon zajišťuje rychlejší akceleraci a možnost zrychlení dopravy na neelektrifikovaných tratích a úspornější provoz. České dráhy plánují nákup více než stovky těchto jednotek. V letech 2006 až 2008 se předpokládá nákup nejméně 74 souprav v hodnotě přibližně 1,5 miliardy Kč. Prototyp jednotky jej nyní nasazen do zkušebního provozu s cestujícími a v roce 2006 bude zahájena sériová výroba soupravy Regionova.
V letech 2006 až 2008 bude pokračovat také modernizace příměstských elektrických vlaků jednotkami řady 471 v oblasti hlavního města Prahy. Zde doplňují a postupně zcela nahrazují dosavadní tzv. „pantografy“. Moderní jednotky 471 jsou klimatizované, nabízejí místa v 1. a ve 2. třídě, místa pro vozíčkáře, matky s kočárky a cyklisty. Nástupní prostory jsou sníženy na úroveň moderních nástupišť. Do konce roku se předpokládá, že bude do provozu uvedeno již 18 souprav. V příštích třech letech bude dokončena dodávka celé objednané série 30 vagónů, což představuje celkem 90 vagónů s více než 27 000 místy k sezení.
Nákup nových a modernizace vybraných regionálních vlaků bude v příštích třech letech financován z několika zdrojů. Budou využity vlastní zdroje z podnikatelské činnosti Českých drah, leasing, výhodné úvěry společnosti Eurofima, jejíž jsou České dráhy akcionář, a také je plánováno čerpání státní podpory na modernizaci regionálních vlaků. Jde o obdobný program, který již řadu let čerpají soukromé autobusové společnosti a městské dopravní podniky k obnově svého silničního vozového parku.