Tato stavba zajistí nové kvalitní propojení stanic v centrální části města (Hlavní nádraží a Masarykovo nádraží) se stanicemi v severovýchodní části města (Libeň, Vysočany, Holešovice). V současné době je zde železniční doprava zajišťována z Hlavního nádraží pouze jednokolejnou tratí s obtížnými sklonovými i směrovými poměry a z toho vyplývajícími nízkými rychlostmi a nedostačující kapacitou. Z Prahy Masarykova nádraží je do Prahy Libně dvoukolejná trať, ale při jízdě z Masarykova nádraží do Vysočan či Holešovic je nutno jet úvratí (změnit směr jízdy), což přináší provozní komplikace a zejména snižuje kapacitu tratě.
V současné době intenzivně budované Nové spojení umožní rychlé a kapacitně dostačující spojení zmíněných železničních stanic. Budou postaveny celkem čtyři koleje z Hlavního nádraží a dvě koleje z Masarykova nádraží. Veškeré jízdy z centrálních stanic do stanic na okraji města budou bez úvrati. Nezbytnou součástí stavby jsou dva dvoukolejné tunely pod vrchem Vítkov a mostní estakáda od západních portálů těchto tunelů do stanice Praha hlavní nádraží.
Dokončení výstavby Nového spojení (plánované zatím na rok 2008) přinese zcela nové možnosti pro příměstskou a městskou železniční dopravu. Vzhledem ke zvýšení kapacity železniční sítě v centru města bude možné zavést nové linky příměstské dopravy, které budou vedeny napříč Prahou (v současné době jsou všechny vlaky příměstské dopravy ukončeny na Hlavním nebo na Masarykově nádraží).
Předpokládá se vznik dvou „diametrálních“ linek, první by měla být vedena po trase Milovice – Lysá nad Labem – Čelákovice – Praha hl. n. – Říčany – Strančice, druhá po trase Nymburk – Poříčany – Český Brod – Praha hl. n. – Černošice – Řevnice. Další plánovanou změnou je propojení železničních tratí 070 a 210 a vznik nové linky příměstské dopravy, která bude vedena po trase Mělník – Všetaty – Praha hlavní nádraží – Vrané nad Vltavou – Dobříš / Čerčany. Nesmíme zapomenout na tangenciální linky. Pilotním projektem je v tomto směru první městská železniční linka, která spojuje nádraží Praha-Libeň, Praha-Holešovice a Praha-Bubeneč s Roztokami u Prahy. Výhledově se uvažuje o jejím prodloužení přes Prahu-Malešice do stanice Praha-Hostivař, ale v úvaze jsou také další tangenciální linky
Ze zavedení výše zmíněných linek vyplývá zkrácení špičkového intervalu příměstské dopravy na nejvýznamnějších tratích až na 15 minut v ranní a odpolední špičce pracovního dne, resp. 30 minut v ostatních obdobích dne. Zavedení průjezdného modelu příměstské dopravy povede k vyššímu zapojení železnice do systému městské dopravy. Výrazně zlepší jak spojení Prahy se Středočeským krajem, tak i spojení v rámci Středočeského kraje s průjezdem přes Prahu.
Nové zastávky
Důležitým prvkem pro rozvoj železniční dopravy na území Prahy, ale přeneseně i na území Středočeského kraje je také výstavba nových železničních zastávek, která je připravována v atraktivních lokalitách na území Prahy. V mnoha případech se přitom jedná o vhodné návazné terminály na ostatní prostředky městské dopravy. Nejvíce pokročily práce na přípravě výstavby železniční zastávky Rajská zahrada ležící na tratích Praha – Lysá nad Labem a Praha – Všetaty v těsné blízkosti stanice metra Rajská zahrada, v blízkosti významných obytných celků včetně obchodní zóny Černý Most. Dalšími připravovanými zastávkami jsou například zastávky Podbaba, Vyšehrad, Kačerov, Karlín a další.
Linkové vedení příměstské a městské dopravy
předpokládaný stav po dokončení stavby Nového spojení
S1 Kolín – Český Brod – Praha Masarykovo n.
S2 Kutná Hora město – Kolín – Nymburk hl.n. – Praha Masarykovo n.
S3 Mělník – Všetaty – Praha hlavní n. – Vrané nad Vltavou – Dobříš / Čerčany
S5 (Roudnice nad L.) – Kralupy nad Vlt. – Roztoky u Prahy - Praha Masarykovo n.
S6 Kladno-Ostrovec – Kladno – Praha-Dejvice – Praha Masarykovo n.
S8 Beroun – Rudná u Prahy – Praha hlavní nádraží
S9 Beroun – Řevnice – Praha hlavní n.
S10 Benešov u Prahy – Strančice – Říčany – Praha hlavní n.
S20 Nymburk hl.n. – Poříčany – Český Brod – Praha hlavní n. – Řevnice
S21 Milovice – Lysá nad Labem – Praha hlavní n. – Říčany – Strančice
S32 Roztoky u Prahy – Pha-Holešovice – Pha-Libeň – Pha-Malešice – Pha-Hostivař
Traťové úseky se špičkovým intervalem 15 minut
trať 011: Praha – Poříčany
trať 091: Praha – Roztoky u Prahy
trať 171: Praha – Řevnice
trať 221: Praha – Strančice
trať 231: Praha – Lysá nad Labem