NKÚ v kontrolním závěru konstatuje, že při odstraňování starých ekologických zátěží sice nedošlo k porušení stávajících zákonů ani významnějšímu porušení interních směrnic a předpisů, byla však shledána řada systémových nedostatků, jež ve svém souhrnu mohly nebo mohou způsobovat neefektivní využívání státních finančních prostředků. Výhrady NKÚ se týkaly zejména kvality uzavíraných ekologických smluv a související interní řídící dokumentace a kontrolních mechanismů na bývalém Fondu národního majetku ČR a částečně i MŽP.
V reakci na tyto podněty Ministerstvo financí (na které po zániku Fondu národního majetku ČR agenda starých ekologických zátěží přešla) spolu s kontrolním závěrem na jednání vlády předložilo i řadu opatření, které směřují k zefektivnění procesu likvidace starých ekologických zátěží, vylepšení interních předpisů a dokumentace a k větší transparentnosti návazných veřejných ekologických zakázek.