NKÚ provedl v době od 5.4.2005 do 5.10.2005 kontrolu zaměřenou na závěrečný účet kapitoly státního rozpočtu Komise pro cenné papíry. Komise proti kontrolnímu protokolu podala námitky a odvolání, které však nebyly NKÚ přijaty. Ke kontrolnímu závěru si předseda vlády vyžádal stanovisko Komise, které do dnešního dne vláda neprojednala. Stejně jako bylo podrobně uvedeno v tomto stanovisku, Komise s rozhodnutím NKÚ zásadně nesouhlasí.
K některým z vytýkaných nedostatků Komise považuje za nutné uvést následující:
Náležitosti a úplnost účetní závěrky
Závěry uvedené v kontrolním protokolu vytýkají Komisi, že účetní závěrka sestavená ke konci roku 2004 neobsahovala podpis oprávněné osoby. Připojený podpis ředitele odboru vnitřní správy shledal NKÚ nedostatečným vzhledem k absenci vnitřního předpisu, který by toto oprávnění stanovil. Podle zákona o majetku České republiky však platí, že vedoucí organizační složky může jednáním za organizaci pověřit jiného vedoucího zaměstnance – oprávnění ředitele odboru vnitřní správy přitom vycházelo z takového pověření, resp. podpisového řádu Komise. Závěr NKÚ je tedy nesprávný.
Komise účtuje a sestavuje účetní závěrku prostřednictvím standardního účetního programu, který generuje přílohu k účetní závěrce automaticky, a závěr učiněný NKÚ, že Komise přílohu nezpracovala, je v rozporu se skutečným stavem. Příloha k účetní závěrce byla v průběhu kontroly předána pracovníkům NKÚ a konstatování, že přílohy zcela chybí, je nepravdivé.
Porušení rozpočtové kázně
Komise nesouhlasí s výhradou NKÚ, že porušila rozpočtovou kázeň čerpáním finančních prostředků před provedením rozpočtových opatření. Komise tato rozpočtová opatření prováděla vždy v předstihu před čerpáním prostředků. Kromě toho šlo vždy o konkrétní určení finančních prostředků na dílčích položkách
vnitřního rozpočtu . Přijímání těchto opatření je plně v pravomoci Komise a tato jsou podle aktuálních potřeb upravována v průběhu účetního období. Komise vždy vynakládala finanční prostředky až po písemném vydání těchto rozpočtových opatření, nikoliv v obráceném pořadí.
Krytí veškerých výdajů bylo zajištěno výhradně z rozpočtu Komise. Komise dodržela všechny závazné ukazatele rozpočtu pro rok 2004 a hospodárným využitím nevyčerpala celou rozpočtovanou částku, konkrétně v r. 2004 do rezervního fondu převedla přes 6 milionů korun.
Účetnictví
Kontrolou NKÚ nebyly zjištěny žádné schodky na majetku. Se závěrem, že Komise neprovedla inventarizaci majetku, nelze souhlasit. Inventarizace je prováděna řádně, tedy pravidelně a v předepsaném rozsahu.
Též závěr NKÚ týkající se neprůkaznosti účetních záznamů Komise zásadně odmítá. Ve vnitřních předpisech Komise jsou jednoznačně a v souladu s právními předpisy stanoveny jak odpovědnost za přezkoušení věcné a formální správnosti účetních dokladů, tak příslušná podpisová oprávnění. Tato pravidla Komise dodržovala.
Závěrečný účet kapitoly Komise
Účetní závěrka byla sestavena v souladu se zákonem o účetnictví a na základě toho podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví. Komise se nemůže ztotožnit se závěrem o neprůkaznosti závěrečného účtu kapitoly 347 – Komise. Ten je založen například na nesouhlasu NKÚ se způsobem zaúčtování licence, přičemž tento konkrétní způsob zaúčtování po Komisi vyžadoval v roce 2001 samotný NKÚ.
Nedostatky ve vnitřním kontrolním systému
Komise měla v kontrolovaném období vydány veškeré směrnice pro zajištění provozu vnitřního kontrolního systému a stanovení odpovědnosti osob. Některé formální nedostatky vytýkané NKÚ tento systém identifikoval a v době kontroly byly odstraněny.