Vlaky EC 76 z Vídně do Prahy a EC 71 z Prahy do Vídně nyní podle Ondrůje jedou po odkloněné trase přes Marcheg a Devínskou Novou Ves na Slovensku. Cestující proto musejí počítat se zpožděním i několik desítek minut. Příměstské vlaky na trase Břeclav-Hohenau-Vídeň-Vídeňské Nové Město nahradily v části zatopeného úseku autobusy.
Kvůli záplavám stále nejezdí vlaky na dvou tratích na Břeclavsku. Mimo provoz jsou tratě Mikulov-Hrušovany nad Jevišovkou a Pohořelice-Vranovice. Kvůli zatopení silnic vodou nemohla být mezi Pohořelicemi a Vranovicemi zavedena ani náhradní autobusová doprava. Na druhé trati autobusy jezdí.
Jinde v Česku podle Ondrůje vlaky jezdí bez problémů a podle jízdního řádu. Například v Ústeckém kraji nebo v Praze jsou některé spoje posíleny tak, že nahrazují autobusy městské hromadné dopravy, které nemohou jezdit po zatopených komunikacích. Zcela bez problémů je podle Ondrůje železniční doprava na území Moravskoslezského kraje.