Nejčastější příčinou pomalého čerpání je podle materiálu ministerstva pro místní rozvoj složitá administrativa. MMR proto doporučuje ji zjednodušit, například omezit rozsah příloh při podání projektu a využít webový kontakt se žadateli. Navrhuje i zvýšit počet pracovníků, kteří se čerpáním peněz zabývají, a také navrhuje rozdělit projekty do etap tak, aby se zajistilo maximální čerpání v daném roce. Doporučení by měla sloužit k lepšímu čerpání prostředků určených na roky 2004 až 2006 a zároveň pomoci při čerpání peněz v letech 2007 až 2013.
Řadu kroků k rychlejšímu čerpání evropských peněz již ministerstvo podniklo. Mimo jiné zjednodušilo systém rozhodování o přidělení peněz.
Podle ministra Martínka došlo od počátku letošního roku i k urychlení převodu finančních prostředků na účty konečných příjemců. "Podle nových pravidel se finanční prostředky z EU staly součástí kapitolních rozpočtů jednotlivých zainteresovaných ministerstev," uvedl Martínek. Podle něj tak příjemce dotace získává prostředky před tím, než jsou příslušnému ministerstvu poukázány z Evropské komise. Došlo tak k urychlení převodu peněz o přibližně tři měsíce, uvedl ministr.
Do konce roku ještě zbývá vyčerpat prostředky ve výši přes 99 milionů eur (zhruba 3,2 miliardy Kč). Pokud o ně republika nepožádá, o peníze přijde.