Zřízení fondu bude upraveno zákonem, vedle toho bude podle Mládka třeba změnit některé další normy, jejichž návrhy předloží MZe. Peníze by se tak mohly vzhledem k délce legislativního procesu začít používat v příštím roce.
Ve fondu se mají shromáždit dvě miliardy ze státního rozpočtu, čtyři miliardy z privatizace a devět miliard z úvěru od Evropské investiční banky. Suma 15 miliard podle resortu pokryje náklady asi na čtvrtinu potřebných protipovodňových opatření. Na kompletní ochranu by bylo třeba do roku 2021 vynaložit zhruba 50 miliard korun. Prostředky fondu by se proto měly do budoucna doplňovat.
Pro druhou etapu programu prevence před povodněmi na léta 2007 až 2010 má zatím MZe soubor 349 opatření, navržených státními podniky povodí, Lesy ČR a Zemědělskou vodohospodářskou správou. Z toho je 100 studií a 249 stavebních investic. Celkové náklady těchto akcí přesahují 12 miliard korun, některé jsou ale na delší období. Do již posouzených akcí by tak mohlo být do roku 2010 investováno zhruba deset miliard korun. Na financování se mohou podílet vlastními zdroji také investoři a územní rozpočty.
Na první etapu programu prevence před povodněmi bylo zatím z celkových 4,15 miliardy korun vynaloženo zhruba 2,9 miliardy korun. Financování jde z národních zdrojů a půjčky od Evropské investiční banky. Dokončeno nebo zahájeno bylo 312 stavebních akcí.
MZe navrhuje, aby se pro zjednodušení přípravy protipovodňových opatření, jako jsou rozlivy či poldry, novelizoval vodní či stavební zákon, popřípadě oba.