Peníze budou směřovat zejména na vybudování prioritních dopravních staveb, tedy dálnic a železničních koridorů. "Předpokládáme, že tam budou peníze například i na pražské metro, nebo pro krajská města na ekologickou dopravu," řekl ČTK ministr pro místní rozvoj Radko Martínek, který vládě materiál o čerpání peněz předložil.
Síť komunikací v republice zatím není dostatečně rozvinuta, dálnice a hlavní železniční tahy jsou zastaralé. To podle ministerstva pro místní rozvoj omezuje zapojení regionů do společného evropského trhu, a snižuje tak potenciální výhody plynoucí z členství v EU.
Druhou oblastí, kam mohou jít značné finanční prostředky, je životní prostředí. Čerpat bude možné téměř 5,2 miliardy eur (147 miliard korun). Z celkového objemu vyhrazených peněz to je přesně pětina prostředků. Peníze podle Martínka půjdou například na protipovodňová opatření a ochranu ovzduší.
Na rozvoj regionů je určeno 3,4 miliardy eur, což představuje 13,25 procenta z celkově vyhrazených prostředků. Na rozvoj podnikání a inovací půjdou zhruba tři miliardy eur. Na výzkum a vývoj se počítá s více než dvěma miliardami eur. Další finance budou směřovat zejména na podporu zaměstnanosti a vzdělávání.
Rozložení prostředků odráží priority České republiky ve vztahu ke strategickým dokumentům Evropské unie. K faktorům, které významně ovlivnily konečnou výši alokace v jednotlivých kategoriích, byly mimo jiné priority krajů, zkušenosti z dosavadního průběhu čerpání strukturálních fondů, doporučení Evropské komise a závazky vyplývající z přístupové smlouvy.