Kvůli výkyvu kurzu koruny vůči euru nyní MMR eviduje přebytek čerpání 1,5 miliardy korun. Zvažuje proto, zda by se peníze mohly získat z programů, kde je prostředků dostatek. Jedná také s ministerstvem financí o možnosti přejít od roku 2007 na financování v eurech a nikoliv v korunách.
Jako riskantní krok vzhledem k čerpání peněz z evropských fondů od roku 2007 vidí ministr uvažované spojení ministerstva pro místní rozvoj s ministerstvem zemědělství. Podle Martínka potřebuje čerpání peněz z EU jednoho ministra. "Jednání s Evropskou komisí nebude vůbec jednoduché, bude to vyžadovat celého ministra a ne jen půl," řekl Martínek. V letech 2007 až 2013 bude moci ČR z evropských fondů získat kolem 100 miliard korun ročně. Ve srovnání se současným obdobím jde o více než trojnásobný objem peněz.
V současné chvíli se nejlépe daří čerpat prostředky z programu průmysl a podnikání, programu infrastruktura a programu rozvoje venkova a multifunkčního zemědělství. Peníze přidělené na rok 2004, které je potřeba vyčerpat do konce letošního roku, se v těchto programech podle ministra vyčerpají. O peníze by republika neměla přijít ani ve Společném regionálním operačním programu, který je určený na rozvoj regionů.
Naopak Praha má s čerpáním peněz stále problémy a již nyní je jasné, že se jí přidělené prostředky do konce letošního roku vyčerpat nepodaří. Špatné čerpání je podle Martínka způsobené zejména tím, že hlavní město dosud nemělo s čerpáním peněz z unie zkušenosti.
K projektům, na které Evropská unie poskytla dotace, patří například regenerace historického jádra Písku, obnova vozů MHD v Mladé Boleslavi či rozvoj informačních a komunikačních technologií v Kroměříži.
Proti období 2004 až 2006 se čerpání peněz v letech 2007 až 2013 změní na průběžné ze zpětného financování. To by mělo žadatelům výrazně pomoci, protože již při proplácení faktur získají peníze z EU. Dosud je získávají až poté, co faktury zaplatí z vlastních nebo úvěrových prostředků.
K lepšímu čerpání by také mělo přispět průběžné přijímání žádostí, dosud se k určitému datu vyhlašovaly výzvy. Výrazně se také mají zjednodušit materiály, které musí žadatelé k žádosti přikládat. Čerpání by se mělo zlepšit i tím, že úředníci budou mimo jiné finančně motivováni k rychlému dokončení projektů.