Jeho počátečním úkolem má být financování prevence před záplavami v letech 2007 až 2010, kdy by měl stát dát na protipovodňová opatření osm až deset miliard korun.
Vedle úvěru od EIB, splatného do 30 let, má zvláštní účet shromáždit ještě dvě miliardy ze státního rozpočtu a čtyři miliardy z privatizace. Peníze by se podle dřívějšího vyjádření ministra zemědělství Jana Mládka mohly vzhledem ke všem potřebným legislativním změnám a délce legislativního procesu začít používat v příštím roce.
Suma 15 miliard podle MZe pokryje náklady asi na čtvrtinu potřebných protipovodňových opatření. Na kompletní ochranu by bylo třeba do roku 2021 vynaložit zhruba 50 miliard korun. Prostředky na tento účel by se proto měly do budoucna doplňovat.