ČSÚ na plnění v celkové výši přes 46 milionů korun nezadal podle kontrolního úřadu veřejné zakázky zákonným způsobem, uskutečnil je pouze na základě smluv a objednávek. Šlo například o opakovaně uzavřené smlouvy na úklid či ostrahu objektu Skalka bez výzvy učiněné alespoň třem zájemcům. Také stěhování do nového sídla zadal ČSÚ jen na základě objednávky. Za stěhování zaplatil přes čtyři miliony korun.
ČSÚ podle NKÚ poskytoval ubytování ve školicím a rekreačním zařízení i jiným než vlastním zaměstnancům a neměl přitom povolení vykonávat hospodářskou činnost. Rozpočtová pravidla porušil ČSÚ také tím, že provedl úhradu přes 2,3 milionu korun za plnění před provedením prací, čímž poskytl dodavateli zálohu na období delší než jedno čtvrtletí.
"Z uvedených nedostatků je zřejmé, že docházelo k chybám při plánování rozpočtu, ve vedení účetnictví, při provádění inventarizací, při hospodaření s majetkem státu a při nákupu majetku a služeb. Jak vyplývá z kontrolních zjištění, postupy při vedení účetnictví a při hospodaření s majetkem státu nebyly vždy v souladu se zákonem o majetku, zákonem o účetnictví a rozpočtovými pravidly," komentoval výsledky kontroly prezident NKÚ František Dohnal.
Celková finanční hodnota majetku státu, s nímž je ČSÚ příslušný hospodařit, činila v kontrolovaném období k 31. prosinci 2004 téměř 2,7 miliardy korun, ke konci roku 2005 přes 2,5 miliardy korun.