Roční obrat Správy státních hmotných rezerv v letech 2004 a 2005 přesahoval 40 miliard korun. Podle kontrolního úřadu přitom není více než 99 procent všech výdajů na pořízení státních hmotných rezerv hrazeno z výdajového účtu státního rozpočtu, ale ze zvláštních účtů.
Správa podle NKÚ nepoužívá peníze ze zvláštních účtů prostřednictvím rozpočtu a nevykazuje jejich čerpání a tvorbu. Ministerstvo financí při zpracování návrhu státního rozpočtu a státního závěrečného účtu a Poslanecká sněmovna tak nemají k dispozici informace o skutečné rozpočtové potřebě správy.
Vzhledem k výdajům, které souvisejí s plněním směrnice EU o udržování minimálních zásob ropy a ropných produktů, lze předpokládat, že značně vzrostou požadavky správy vůči státnímu rozpočtu, uvádí NKÚ.
Správa zabezpečuje zejména financování hospodářských opatření pro krizové stavy a stará se o státní hmotné rezervy.