Následné vyšetřování by mělo dát odpověď na otázku, kdo ze správy nese zodpovědnost za údajné neuhrazení pohledávek ve výši 35 milionů korun, uzavření smluv nevýhodných pro stát a přidělení částky 866 milionů korun nezajištěných státních peněz komerčním bankám. Podle zákona měly jít tyto peníze přes Českou národní banku.
Audit finančních výkazů SSHR, o který se stížnost opírá, NKÚ provedl za roky 2004 a 2005. Zpráva, kterou úřad na základě zkoumání účtů SSHR zveřejnil, si již vyžádala rezignaci šéfa SSHR Jana Žižky. Ministr průmyslu a obchodu Martin Říman na jeho rezignaci trval týden před datem 4. října, kdy byla zpráva zveřejněna.
"Po další analýze skutečností, které zjistilo naše právní oddělení, jsme se rozhodli podat trestní oznámení," řekl prezident NKÚ František Dohnal. Úřad nyní policii předá dokumenty se vztahem k provedenému auditu.
Pokud se podezření prokážou, lze v tomto případě buď udělit pokutu, anebo uložit trest odnětí svobody v trvání až deseti let. Mluvčí SSHR Věra Matějů se k oznámení nechtěla vyjadřovat a neřekla ani, jaké kroky správa v této souvislosti podnikne.
SSHR během auditu některé nálezy NKÚ zpochybnila. Matějů podle CBW už dříve řekla, že úřad nejprve vyčká, jaké stanovisko ke zprávě NKÚ zaujme vláda.