Podle vládního návrhu se měl kompetenční zákon změnit tak, aby pravomoci ministerstva od příštího roku přešly na resorty vnitra, průmyslu a obchodu a místního rozvoje. Dosavadní zkušenost podle vlády prokázala, že ministerstvo informatiky v současném postavení jen stěží prosazuje své plány a projekty, a to zejména kvůli slabému postavení mezi ostatními resorty. Lepší prosazení záměrů státu v informatice by mělo pomoci převedení agendy v elektronické veřejné správě pod ministerstvo vnitra, telekomunikacích a poštách pod ministerstvo průmyslu a veřejných dražbách na ministerstvo pro místní rozvoj.
Ministerstvo bylo zřízeno k 1. lednu 2003, kdy na něj přešly v plném rozsahu kompetence Úřadu pro veřejné informační systémy, úseku spojů ministerstva dopravy a spojů a kompetence v oblasti elektronického podpisu Úřadu pro ochranu osobních údajů.