Nejsilnější letový provoz byl stejně jako v roce 2005 v červenci, kdy ŘLP převedlo přes ČR 63.399 letadel, v průměru za den tedy 2043 tranzitních letů. Naopak nejméně přeletů zaznamenali navigátoři v únoru, kdy český vzdušný prostor využilo 38.764 letadel.
Přes nárůst provozu se ŘLP podařilo udržet údaj o průměrném zpoždění jednoho letu na stejné úrovni jako v roce 2005. Letadla nad ČR průměrně nabrala časový skluz 0,8 minuty. Dlouhodobě nejvýznamnějším zákazníkem ŘLP při využívání traťových navigačních služeb je německá Lufthansa.
Stejně jako v předchozích letech rostl také zájem leteckých dopravců o využívání ruzyňského letiště. Celkový počet pohybů, tedy vzletů a přistání v roce 2006, činil 166.532, tedy o 3,8 procenta více ve srovnání s rokem 2005.