Do loňského výsledku se negativně promítlo zejména převzetí jmění dceřiných firem Česká finanční a Konpo, které ukončily činnost. Na ČKA z nich přešla celková ztráta 1,152 miliardy korun. Bez tohoto vlivu by agentura měla ztrátu 178 milionů korun.
Ztrátu ČKA podle mluvčího plně uhradí z vlastních rezervních fondů, a nebude tudíž vznášet žádný nárok na státní rozpočet. Na konci roku 2006 byly navíc čtyři miliardy korun nerozděleného zisku minulých let převedeny na ministerstvo financí, a jeho prostřednictvím pak do státního rozpočtu.
ČKA ke konci letošního roku zanikne. Poslední rok její existence je ve znamení dokončení posledních blokových transakcí a postupného uzavírání jednotlivých agend. Případy, které nebude možné letos dokončit, přejdou i s malou skupinou zaměstnanců na ministerstvo financí.